故事一開始的時間旅行方式是由身為「未來人」的朝比奈實玖瑠使用「TPDD」帶著阿虛穿越時空，來到了三年前的7月7日晚間9點。
TPDD
全稱為「Time Plane Destroyed Device」（時間平面破壞工具），是朝比奈等未來人用來穿梭時空的道具。使用方式是在每一個時間平面打開多道缺口，透過它們穿越至某個時空。它並不存在於物質上，而是無形地存在於未來人的頭腦中。
對資訊統合思念體來說是不完美的產品：當有機資訊體（例如人類）透過TPDD進行時光旅行時，缺口會出目前空間扭曲，令過去或未來有機會偏離既定事項。這會令使用者產生雜訊，對世界的認知出現錯亂。
在這次的事件中，阿虛未能看到「TPDD」的使用方法、過程與原理，原因是實玖瑠在任務中必須對這項情報完全加密。
資訊操縱
後來實玖瑠遺失了「TPDD」，與阿虛一同向三年前的長門有希求助時，長門讓兩人回歸原本時間平面的方法即為「資訊操縱」。
資訊操縱是「資訊統合思念體」對世界進行物質層面改變的方法。
資訊統合思念體認為世界萬物都是由資訊組成的，因此可以透過對資訊的操作而對世界進行物質層面的改變。由於物質化的資訊擁有固定的形態，當資訊的組合次序或形態改變時會產生形似魔法的效果，於地球人看來就彷如魔法一樣。例如將課室的桌子變為尖矛、球棒變得擁有自動擊出全壘打的功能等。
在這次的事件中，長門讓兩人進入房間當中睡覺，並凍結了當中的時間流就這麼經過了三年，在兩人當初出發不久後的7月7日晚間9點半解除凍結，藉以讓兩人用另外一種不同的形式回歸到現在。
國王與皇后理論
回到現在之後，阿虛仍是對實玖瑠告訴他的穿越時空法則和他自己實際穿越時空感受到的情況之間的矛盾。
對此，與他下西洋棋的團員古泉一樹（超能力者「機關」成員）以簡單的方式隱喻：
「就是這麽回事。現在我的國王被你的城堡給將軍了，真是傷腦筋啊，我該逃到哪個地方呢？」
古泉一邊說著，一邊抓起黑色國王，倏地放進他制服的胸前口袋裏，然後像魔術師一樣攤開兩手：
「偌，我的這個行動哪里有矛盾呢？」
我一邊用手指頭玩著白色城堡，一邊想著：我既不想陪你玩像傻瓜一樣的禪問遊戲，也無意說一些抽象而無聊的話來滿足自己的虛榮心。所以，我是不會回答這個問題的。
總之——春日不折不扣是一個矛盾的人，這點毋庸置疑，而這個世界也一樣。
「況且國王對現在的我們而言，並沒有什麽價值，比較具有重要性的其實是皇后呢。」
一句話解釋這個行為：「雖然藏起國王是違反國際象棋規則的，但單就古泉拿起棋子放進口袋的動作來說，確實沒有任何的不合理之處。」
如果古泉是將時空旅行比喻成一盤棋，將實玖瑠解釋給阿虛和我們聽的時空法則比喻成西洋棋的規則，那他的意思即是說：阿虛回到三年前實際參與並影響過去的事件雖然違反「時空先難理論」的法則，但他行爲的合理性可以無視這一矛盾而存在。
阿虛相對於時空旅行就像古泉相對於一盤棋一樣，他是高於時空法則的存在。
雖然如此，但「國王」在棋局中的效力並沒有「皇后」來得強力，古泉最後會這麼說，正意味著：「與其探討阿虛為什麼能夠無視時間矛盾，不如先把涼宮的情緒安妥得服服貼貼。」
整個故事對於前往過去與回到未來的過程，總是有些前後矛盾之處，不過既然它的存在本身就有虛幻的成分存在，那麼科學的理論解釋是否通順、合乎邏輯就不是那麼重要了。
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By StudioWUZO 2012/6/18
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